主条目：刺客教条系列角色列表和刺客信条系列世界观与设定戴斯蒙·迈尔斯本来在拥有刺客血统的家庭出生，但后来因为只想过一般人的生活而独自离开了家庭，当上了一家酒吧的酒保。2012年9月1日，他被现代圣殿骑士团操纵的组织Abstergo绑架，并强迫他参与Animus实验 —— 一台透过血缘令用户体验祖先记忆的机器。正于他将被Abstergo灭口的时候，一小撮现代刺客组织的成员把他救离，并让他在刺客组织的协助下，使用一台经改造过的Animus体验了不同祖先的记忆，以赶在Abstergo之前得到伊甸碎片（Pieces of Eden）的情报。戴斯蒙体验了四名祖先的记忆，分别是阿泰尔·伊本·拉阿哈德（Altaïr ibn La-Ahad），一名在中世纪第三次十字军东征期间违背了三大教条并试图赎罪的刺客；艾吉奥·奥迪托雷·达·佛罗伦萨，一名在意大利文艺复兴时期并因家人被卷进政治阴谋而进行复仇的意大利刺客；海尔森·肯威，英籍圣殿骑士；拉顿哈给顿（后由师傅阿基里斯改名为“康纳”），美国原住民，海尔森与卡尼耶蒂依翁之子，在美国独立战争期间为保护族人和正义而战的英印混血刺客。

在经历过一连串事件之后，戴斯蒙获悉2012年预言的真正意涵，摧毁了“第一文明”的巨大灾难－太阳风暴将会重演，其记忆将成为解救世界的关键。在探索的过程中，常有三名古代文明的统治者以全息影像的方式来协助戴斯蒙，分别是朱比特、密涅瓦、以及朱诺。

在戴斯蒙为保护地球牺牲后，Abstergo 以云端运算保存了其基因[3]，同时雇用了研究员透过Animus 继续搜索其他刺客祖先记忆以取得更多“第一文明”的资讯，包括活跃于海盗黄金时代的英籍海盗、拉顿哈给顿祖父之刺客祖先－爱德华·詹姆士·肯威[4]；活跃于英法七年战争时期、从北美刺客组织叛变至圣殿骑士团的刺客猎人－谢伊·派崔克·寇马可。同时刺客组织亦招募人员骇入Abstergo的云端运算以抢先体验刺客祖先的记忆，包括活跃于法国大革命时期、为赎罪而加入刺客组织的法籍刺客－亚诺·维克特·多里安、工业革命晚期英国的孪生刺客－雅各·弗莱和伊薇·弗莱。

之后，被发配到埃及的Abstergo员工蕾拉·哈桑无意中发现了托勒密王朝末期、原为埃及守护者锡瓦的巴耶克的木乃伊，在未通知上级的情况下使用携带型Animus回溯巴耶克的记忆，后来遭到Abstergo的追杀而与刺客组织合作，继续寻找伊述文明的旅程。之后体验希腊伯罗奔尼撒战争时期斯巴达的一对雇佣兵手足[5]－亚历克西欧斯（Alexios）和卡珊卓（Kassandra）的记忆。

从卡珊卓那获取赫尔墨斯的权杖后，地球因为不明的磁场风暴又一次陷入了危机之中，此时蕾拉收到了一封神秘的电子邮件，指引她前往北美，在那里找到了维京人埃沃尔的坟墓，透过Animus对其的回溯，才知道埃沃尔是上古伊述人阿萨族的领袖奥丁的圣者，蕾拉通过埃沃尔的记忆找到了他与伊述人洛基的圣者巴辛姆展开最后决斗的伊述神殿，透过其中的世界树系统阻止了磁场风暴的延续，但蕾拉落下的权杖却唤醒了被封印在此处的巴辛姆。